Il blog di Gas

CellProfiler is free open-source software designed to enable biologists without training in computer vision or programming to quantitatively measure phenotypes from thousands of images automatically. See our papers on analyzing cell images and non-cell images.

First we need to install the dependecies ( as root):
dev-python/matplotlib wxwidgets>>/etc/portage/package.use
echo "dev-python/h5py">>/etc/portage/package.keywords


dev-python/numpy lapack >>/etc/portage/package.use
emerge -1 lapack-atlas scipy

atlas will take long to merge but will not take up much space so there is not to worry if portage dir is on tmpfs

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Update

emerge --ask -C `eix -C kde-base --only-names --installed`

nano /etc/make.conf

and delete kde from the USE flags, remove qt3support and qt4 also if you don’t need them anymore

emerge -uavtqND world"

Now you should have just a few kde packages in the list you got as an output of that command, it’s your choice to leave them or unmerge them manually, with unmerge -pv –depclean you can see what packages pulls in your atom.

Ogni qualvolta ci si collega ad internet viene assegnato un indirizzo ip pubblico al proprio computer/router, in Italia quasi tutte le connessioni adsl private hanno un ip dinamico che camba tutte le volte che ci si riconnette. Può tornare comodo conoscere questo ip per poter raggiungere il proprio computer dall’esterno ( lavoro, università ) e per evitare di doverselo scrivere su un “post it” tutte le volte che si accende il modem è possibile utilizzare un dns dinamico .

Razionale

1. iscriversi ad un servizio di dns dinamico, si potrà scegliere un dominio di terzo livello ( terzolivello.secondolivello.it) a cui associare l’indirizzo ip del computer.
2. iscriversi a dnsomatic che provvederà a fornire a tutti i servizi che si usano (come i servizi di dns dinamico ma anche altri come opendns) l’indirizzo ip del computer
3. usare un client che al cambio dell’indirizzo ip avvisa dnsomatic

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Info
00:00.0 Host bridge: Intel Corporation Mobile PM965/GM965/GL960 Memory Controller Hub (rev 03)
00:01.0 PCI bridge: Intel Corporation Mobile PM965/GM965/GL960 PCI Express Root Port (rev 03)
00:1a.0 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB UHCI Controller #4 (rev 03)
00:1a.1 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB UHCI Controller #5 (rev 03)
00:1a.7 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB2 EHCI Controller #2 (rev 03)
00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) HD Audio Controller (rev 03)
00:1c.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) PCI Express Port 1 (rev 03)
00:1c.1 PCI bridge: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) PCI Express Port 2 (rev 03)
00:1c.3 PCI bridge: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) PCI Express Port 4 (rev 03)
00:1d.0 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB UHCI Controller #1 (rev 03)
00:1d.1 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB UHCI Controller #2 (rev 03)
00:1d.2 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB UHCI Controller #3 (rev 03)
00:1d.7 USB Controller: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) USB2 EHCI Controller #1 (rev 03)
00:1e.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801 Mobile PCI Bridge (rev f3)
00:1f.0 ISA bridge: Intel Corporation 82801HEM (ICH8M) LPC Interface Controller (rev 03)
00:1f.1 IDE interface: Intel Corporation 82801HBM/HEM (ICH8M/ICH8M-E) IDE Controller (rev 03)
00:1f.2 SATA controller: Intel Corporation 82801HBM/HEM (ICH8M/ICH8M-E) SATA AHCI Controller (rev 03)
00:1f.3 SMBus: Intel Corporation 82801H (ICH8 Family) SMBus Controller (rev 03)
01:00.0 VGA compatible controller: ATI Technologies Inc Mobilitiy Radeon HD 3400 Series
01:00.1 Audio device: ATI Technologies Inc RV620 Audio device [Radeon HD 34xx Series]
02:00.0 Network controller: Intel Corporation PRO/Wireless 3945ABG Network Connection (rev 02)
03:00.0 Ethernet controller: Marvell Technology Group Ltd. Unknown device 4355 (rev 12)
0a:01.0 FireWire (IEEE 1394): O2 Micro, Inc. Firewire (IEEE 1394) (rev 02)
0a:01.2 SD Host controller: O2 Micro, Inc. Integrated MMC/SD Controller (rev 02)
0a:01.3 Mass storage controller: O2 Micro, Inc. Integrated MS/xD Controller (rev 01)

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I need to sync many applications on different devices so the best idea for me was using a central server where I can sync too. ScheduleWolrd is a funambol based service that regardless of its ugly interface does what I want .This small howto covers my Nokia N95 , thunderbird + lightning and Google Calendar but it should work with many other devices or applications. Syncing between ScheduleWorld and Google Calendar works mostly out of the box.
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Il portatile di mio padre ha il drive del cdrom rotto, in più è vecchio e non c’è modo di fare il boot da usb. Per poter installare windows serve un computer desktop con un cdrom ed un floppy funzionante ed in più un adattatore da harddisk per laptop a Ide, una cosa come questa.
L’idea di base è di smontare l’harddisk del portatile, attaccarlo al desktop, formattarlo con dos, copiare il cd di windows xp e far partire l’installazione.

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Assieme al cellulare mi sono arrivate un paio di cuffie bluetooth della motorola, il supporto in linux c’è anche se le cose sono in continuo cambiamento.

Requisiti:
poter compilare , alsa e bluetooth gia testati e funzionanti , detto questo per gentoo dovrebbe solo servire il cvs , per ubuntu invece

• build-essential
• libbluetooth2-dev (3.5 or newer)
• automake
• autoconf
• cvs
• libtool
• libasound2-dev
• libdbus-1-dev
• libdbus-glib-1-dev

Io sono su gentoo e sono riuscito a far andare il tutto con bluez-utils>=3.16, la guida originale è per ubuntu

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Ho un nokia N95 inglese dell’azienda “O2″ che funziona con qualsiasi sim , come si dice “liberato”..
In questo momento ho il firmware 11.0.26 e non posso aggiornarlo all’ultima versione ,cioè la 12.0.013.Non posso aggiornarlo perchè il telefono ha un codice prodotto per il quale l’ultimo firmware è l’11.0.26 ovvero un telefono della 02, quello che voglio ottenere è un telefono della Nokia con un codice prodotto che corrisponde appunto ad un Nokia senza brand / marca.I passi sono semplici ma da seguire con attenzione,la guida funziona anche per quelli Italiani.

1. Installare Nokia software Updater ed installare PcSuite dal sito ufficiale Nokia, collegare il telefono con Sim e batteria carica ,testare che sia riconosciuto e fare il backup da PcSuite
2. Andare a questa pagina ed installare Nemesis Server Suite (in fondo , il primo file dopo “Nemesis Service Suite Download”),durante l’installazione scegliere USB Virtual Device
3. Aprire il programma e premere il bottone in alto a destra “Scan for new Devices” dopo un po si riempiranno i campi vuoti, passare a “Phone Info” , cliccare a destra su “read” ,sempre nella parte destra dovrebbero esserci dei campi , uno dei quali intitolato “Product Code” con un numero, cambiare il numero in 0534841,mettere l’apice su Enable e cliccare su Write. Ora come test togliere l’apice da “Enable”, cliccare su Read e controllare se il codice prodotto corrisponde al nuovo numero impostato. Chiudere l’appicazione
4. ( Fatto il Backup???) Lanciare Nokia Software Updater, e seguire i passi.Il telefono verrà “riflashato” in un Nokia generico e non di un particolare fornitore di servizio (Tim, Vodafone ,Tre ).

Ci sono in giro un sacco di howto complicati (sopratutti quelli che parlano di “Perfetct Setup”) su come creare un server mail in debian / ubuntu ma ce ne sono pochi per quelli come me che hanno la semplice esigenza di voler leggere le email generate dal sistema allo stesso modo di come leggono le email mandate dagli amici.In pratica la mia esigenza è quella di reindirizzare tutte le mail di sistema su una casella email esterna tipo mionome@gmail.com.

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A few months ago Etch was freezed now it has been officially released as Debian 4.0

These are the release notes and among the new changes I found:

• PHP5.x
• MySQL 5.x
• Apache 2.2.x
• GCC v4.1
• from XFree86 to X.org v7.1

Updating

Fist of all install aptitude
apt-get install aptitude

I used to have Debian Sarge 64 that is a semi official backport , now Etch is shipped with amd64 architecture too so the backport is not needed anymore. Updating is not difficult , one should change all “sarge” to “etch” in /etc/apt/sources.list, mine look like this


deb ftp://mirror.switch.ch/mirror/debian/ etch main contrib non-free
#deb http://www.backports.org/debian sarge-backports main contrib non-free
deb http://security.debian.org/ stable/updates main contrib non-free
deb-src http://http.us.debian.org/debian stable main contrib non-free
deb-src http://non-us.debian.org/debian-non-US stable/non-US main contrib non-free
# TOR
deb http://mirror.noreply.org/pub/tor etch main
deb-src http://mirror.noreply.org/pub/tor etch main


the “www.backports” line is comments out because etch hit stable just today. Backports are binaries compiled for etch and shipped for sarge, sometime you can’t install a package because it misses a dependency but you can run it because it doesn’t miss any dependency while it runs, hence that backports that let me use the latest mldonkey with sarge for example.

Then


apt-get update
aptitude -f --with-recommends dist-upgrade

Note that aptitude was used rather that apt-get dist upgrade because is known to be more strict on dependencies that apt-get dist-upgrade, installing aptitude here as docs say will bring in lots of other packages.
I hope that etch will be as good as sarge , for me sarge never hanged once in its life, the only problem I had was a that a couple of deamons used to exit silently after a couple of weeks running . Hopefully etch comes with a version of shorewall that is able to handle traffic shaping.

2 cents about gentoo : I love gentoo and I have no intention to change my desktop distro …but debian management is damn faster… I remeber last Gcc major upgrade , rebuilding the the system and then the world , emerge breaking during night, a couple of days compiling vs 20 min of debs fetching in debian.

Edit: Squid and Shorewall have new configurations:

• Squid: ( ola ola Christian )delete these lineshttpd_accel_host virtual
httpd_accel_port 80
httpd_accel_with_proxy on
httpd_accel_uses_host_header on and add this always_direct allow all.Now look for http_port X.X.X.X and add “transparent” the result should be something like this:http_port 192.168.1.2:8080 transparent

• Shorewall: have a look at /usr/share/doc/shorewall/examples . Now the file “zones” must contain the firewall zone, there are no comments and no display any more so in the end you should find something like this:net ipv4
loc ipv4
fw firewall

  ipv4 is the default for normail traffic